１、重复征税。每一笔交易的利润总额是确定的，当原归属境外关联企业利润被调整到中国境内关联企业时，该部分利润在境外已缴的所得税所在国税务当局难以退还，而中国对该部分利润又再征一次中国所得税，由此产生重复征税。
２、被调增的税款不得享受再投资退税的税收优惠。
３、改变集团及相关关联企业原有财务决算。反避税调整的结果是导致跨国企业集团的利润在各国关联企业之间的重新分配，而调查又都是在事后进行，必然改变原来的财务决算与分配方案。
４、在企业集团内产生较大影响。由于在调查过程中，被调查企业要向税务机关提供关联交易的价格、费用标准，关联交易各环节的价格、费用、职能，会涉及多个国家、地区的多个关联企业及其总部的众多相关部门与人员，包括集团高层人员，在关联企业集团内产生较大影响。
５、被调查企业压力大。由于反避税调查时间长，过程复杂，经常因税企双方观点不问理解不一如反复谈判，补充资料、说明，被调查企业需要投入大量的时间、精力，同时也会对被调查企业的社会形象产生严重影响。
６、对企业转让定价调整的应税所得，企业不作相应帐务调整的，其关联方取得的超过没有关联关系所应取得的数额部分，视同股息分配，该股息不享受税法第十九条所规定的免征所得税优惠。其关联方取得的所得如为利息、特许权使用费，不得调整已扣缴的预提所得税。
７、一次查补多年税款，对企业造成沉重负担，可能对企业资金周转造成较大影响。